Založení muzea  

Muzeum Chodska je nejstarším muzeem na Domažlicku. Podnět k jeho založení vzešel ze zasedání rady města Domažlice 28. srpna 1883.   
Muzeum bylo od počátku členěno na část historickou, přírodovědnou a průmyslovou. Jeho součástí byla též knihovna a městský archiv. Hlavní zájem muzea se zpočátku soustředil pouze na tehdejší vybavení měšťanské domácnosti, venkovská kultura a způsob života byly zastoupeny sbírkou krajek a vyšívání. Tento trend se změnil až po Národopisné výstavě českoslovanské konané v roce 1895. Přípravné práce na tuto výstavu podnítily pořádání krajinských výstav v jednotlivých regionech, domažlická se uskutečnila v roce 1893 a podpořila zájem o kroj a lidovou kulturu.
V květnu 1889 byla ustanovena muzejní společnost a sbírky byly převedeny ze správy obce do jejího majetku. Ze stanov společnosti se dochovaly pouze podmínky členství. K navrácení sbírek do majetku města došlo v roce 1910. Obec vytvořila desetičlenné kuratorium, v jehož čele stál správce, který byl odpovědný za činnost muzea. Zároveň byl stanoven výpůjční řád knihovny a obec se zavázala ke každoročnímu finančnímu příspěvku.
Domažlické muzeum, stejně jako většina městských muzeí zakládaných v této době, se potýkalo s problémem uložení sbírek. Jejich umístění v augustiniánském klášteře znemožňovalo zpřístupňování veřejnosti, ke změně došlo až po přestěhování do nové městské radnice v roce 1893. V roce 1913 byl instalován měšťanský barokní pokoj a chodská sence. Přelom v muzejní činnosti nastal o velikonocích 1931, kdy se muzeum přemístilo do Chodského hradu.
V následujících dvou letech byla zpřístupněna zemědělská sbírka. Velký ohlas u veřejnosti vzbudila „Chodská svatba" nainstalovaná v roce 1935 spolu s lapidáriem vytvořeným ve dvoře hradu.
S nárůstem sbírkových předmětů se rozvíjela i expozice muzea. Ta byla členěna do několika sekcí:

I. oddělení prehistorické archeologie, sbírka mineralogicko-geologická, sbírka mincí a medailí
II. památky církevní a válečnické
III. památky řemesel a obchodu
IV. význační domažličtí rodáci, ukázky městské civilizace
V. síň Jaroslava Vrchlického
VI. síň měšťanská
VII. síň města Domažlic
VIII. chodská sence
IX. oddělení národopisné

Činnost muzea po roce 1945

Rozvoj muzejní činnosti byl zastaven v období druhé světové války. Muzeum bylo zpočátku částečně a poté zcela uzavřeno. K obnovení činnosti docházelo postupně od uspořádání první poválečné Vavřinecké pouti. Obnovena byla všechna oddělení muzea kromě přírodovědného oddělení. Za ne zcela jasných okolností byla naprostá většina předmětů vyřazena ze sbírek nebo přesunuta do jiných institucí, například do Gymnázia J. Š. Baara, Západočeského muzea v Plzni, Národního muzea.
Po roce 1945 bylo zrušeno kuratorium a správa muzea byla začleněna do činnosti MěNV v Domažlicích. Od roku 1955 Vlastivědné muzeum Chodska spadalo pod ONV Domažlice. V této době byl oddělen od muzea archiv.
V padesátých letech došlo i k základním změnám expozice. Beze změny zůstala pouze chodská svatba a chodská sence. Některé vznikající expozice byly tematicky ovlivněny požadavky nové politické reality. Stejně jako v ostatních československých muzeích bylo prezentováno téma budování socialismu, dějiny KSČ v okrese, vítězný Únor, atp.

Muzeum Jindřicha Jindřicha a Galerie bratří Špillarů

Kromě městského muzea druhé muzeum v Domažlicích založil skladatel Jindřich Jindřich. Ten ho začal budovat již od konce první světové války jako soukromé muzeum. V roce 1945 daroval Jindřich svou sbírku městu s právem ji doživotně spravovat a rozšiřovat. Až do své smrti v roce 1967 shromáždil na 7.000 předmětů převážně z oblasti historie, etnografie, uměleckého řemesla, zastoupeny jsou i knihy, nechybí rozsáhlá Mistrova korespondence. Muzeum Jindřicha Jindřicha bylo jako součást muzea Chodska zpřístupněno v roce 1972.
V roce 1970 byla v rámci Muzea Chodska otevřena výstavní síň s názvem Galerie bratří Špillarů na zámku v Trhanově. Z důvodu nevyhovujících podmínek byly obrazy přemístěny a od roku 1996 zpřístupněny v Galerii bratří Špillarů.

Muzeum Chodska po roce 1989

Od roku 1992 probíhala na Chodském hradě generální rekonstrukce, při níž v noci na 21. dubna 1995 vypukl požár. Při likvidaci požáru bylo poškozeno a následně restaurováno na 130 sbírkových předmětů. V roce 1999 byla nainstalována současná muzejní expozice, která se průběžně obměňuje a vyvíjí. Část expozice je věnována archeologii pravěku a středověku. V rámci hradu došlo ke zpřístupnění hradní věže, ochozu a lapidária.